1、秸秆饲用处理关键技术研究
利用组学和分子生物学等手段，对限制秸秆饲用的木质素等关键因子的分解和调控机理展开系统研究，主要是广泛筛选和鉴定木质素分解菌，并对其进行功能基因组学研究，研究分解木质素的酶对木质素的协同催化分解机制，探讨该酶在细菌中的高效表达和重构，并对不同酶系处理条件下和氧化剂相配合对木质素降解效果及其机理展开研究。
2、非常规饲料资源营养价值与安全性评价
从基础研究入手，通过建立动态模型和基于高级分子光谱技术的快速检测方法，对非常规饲料在收集、加工、贮藏过程中的营养成分、毒素和营养限制因子变化规律进行系统评价，并从分子和细胞水平对其产生和转化机理进行深入研究，建立非常规饲料营养成分数据库和质量安全评价指标体系，力争在质量调控技术领域有所突破，为非常规饲料资源创新利用提供理论和技术支撑。
3、以非常规饲料为基础日粮的动物营养调控机理研究
利用分子生物学、细胞生物学、组学和动物营养学等手段，开展以非常规饲料为基础日粮的瘤胃发育调控、瘤胃内容物组学规律、瘤胃主要代谢产物迁移规律及其对机体脂类代谢调控机理研究，建立动物营养需要动态模型，进而开展基于非常规饲料及其组合的典型成套畜禽日粮配方的应用研究，力争实现增效、提质、抗病、减排的目标。
